Le cas le plus simple :

import flash.external.ExternalInterface;
stage.align = StageAlign.TOP_LEFT;
stage.scaleMode = StageScaleMode.NO_SCALE;
var monJavaScript:XML = 
<script>
<![CDATA[
function global(){
function createpopup (){ 
window.open("http://jeanphiblog.media-box.net","win","height=400,width=600,toolbar=no,scrollbars=yes"); 
}; 
createpopup(); 
}
]]>
</script>;;
btn.addEventListener(MouseEvent.CLICK,onClick);
function onClick(e:Event):void {
ExternalInterface.call(monJavaScript);
}

exemple1

Le deuxieme exemple nous permet de créer un popup centré dans l'écran :

import flash.external.ExternalInterface;
stage.align = StageAlign.TOP_LEFT;
stage.scaleMode = StageScaleMode.NO_SCALE;
var monJavaScript:XML = 
<script>
<![CDATA[
function global(){
function popupcentree(page,largeur,hauteur,options) 
{ 
var top=(screen.height-hauteur)/2; 
var left=(screen.width-largeur)/2;
window.open(page,"","top="+top+",left="+left+",width="+largeur+",height="+hauteur+","+options); 
} 
popupcentree("http://jeanphiblog.media-box.net",800,600,"menubar=no,scrollbars=no,statusbar=no");
}
]]>
</script>;
btn.addEventListener(MouseEvent.CLICK,onClick);
function onClick(e:Event):void {
ExternalInterface.call(monJavaScript);
}


exemple2

La seule chose à modifier dans votre page html sera le paramètre de : allowScriptAccess
Il faudra remplacer tous les samedomain par always...